范例，日益彰显着其独特的作用。
海事法院，是我国另一种发展得极为成熟的专门法院。1984年，全国人大常委会通过“关于在沿海港口城市设立海事法院的决定”。此后，我国分五次在天津、大连、上海、宁波、厦门、青岛、武汉、广州、海口、北海等10个港口城市，设立了海事法院，专司管辖一审海事案件和海商案件，其级别相当于中级法院。此外，在沿海沿江重要港口城市，还陆续设立了39个海事法院派出法庭，有效覆盖了全部港口和水域。由此，我国成为世界上设立海事审判机构最多、海事审判力量最强的国家。
海事法院的设置以海商事纠纷为管辖标准，以河海港口为基础架构，从而突破了按行政区划设立的传统司法管辖制度，堪称专门法院的又一典范。尤其是，从历史渊源看，海事法院脱胎于原来的水上运输法院，之所以独立建制，不仅因为海事海商案件具有极强的专业性和复杂的涉外性，更在于水上运输法院归属于行政机关或具有企业性质的海运局，其体制不符国际司法惯例。因而当年将水上运输法院改造成海事法院时，最具突破性的改革措施就是将其从交通部门移交至法院系统，由此保障了审判权的独立行使，奠定了真正意义的现代化、专业化的专门法院基调。
岁月流逝中的嬗变
与军事法院、海事法院相比，铁路运输法院的历程则充满波折。建国初期，鉴于铁路是关系到国计民生的大动脉，且铁路运输具有跨区域流动等特点，为了及时有效打击危害铁路运输的犯罪行为，我国于1953年即开始仿效苏联司法体制，设立了“铁路沿线专门法院”，1955年又更名为“铁路运输法院”。然而好景不长，1957年，铁路法院被全部撤销。直到改革开放后，随着铁路的重要性再次凸显，铁路法院的重建于1980年正式启动，并于1982年全面恢复运行。其管辖范围则由原来仅仅局限于涉及铁路运输、安全和财产的刑事诉讼，进一步扩大到了涉铁路的民事诉讼；且增设了铁路运输高级法院，其架构由两级变为三级，独立的铁路司法体系由此正式成型。
时至1987年，铁路运输高级法院被撤销，但设在各铁路局所在地的铁路运输中级法院，以及设在各铁路分局所在地的铁路运输基层法院，仍然得以保留。在相当长的历史时期内，铁路法院发挥了独特的作用，但其在特定年代诞生的隶属于铁路系统的管理体制，也逐渐引发负面效应和社会质疑，为日后的改革埋下了伏笔。
与铁路法院相仿，在相当长的历史时期内，我国还在一些特定行业或区域，设立了林业法院、农垦法院、矿区法院、油田法院等专门法院。不过，随着岁月的流逝，这些带有浓厚行业和区域色彩的专门法院，已发生了很大的变迁。
由于法律规定不甚明朗等因素，我国还存在着一些似是而非的“专门法院”。极为典型的是，前些年，随着各地纷纷开辟经济开发区、高新技术产业开发区等“政策特区”，全国先后涌现了三十多家开发区法院，一度被不少舆论解读为“专门法院”。尽管此类法院对处理特殊区域内的法律纠纷作用巨大，但其法律地位、具体性质始终争议激烈。不过，随着诸多开发区不断转化为行政区，开发区法院转型为地方法院已是大势所趋，争议亦将自行消弭。此外，在庐山风景旅游区设立的庐山法院，在三峡坝区设立的三峡坝区法院，在四川省科學城设立的科学城法院等等，因其特殊性也易引发“专门法院”的联想，但严格意义而言，这只是一种误读，并且终将随着改革的步伐而明晰其应有的定位。
曲折的改制历程
专门法院如何构建？世界各国的普遍做法是以事务管辖为分工予以设立，而非按照行业、区域等因素加以确定。按照这一标准审视我国专门法院的传统版图，显见存在着巨大的差异。
其中，军事法院的管辖对象和管辖事务具有双重的特殊性，海事法院管辖事务的专业性亦极为鲜明，两者的设立原则和运行也符合专门法院的一般规律。与之相比，铁路、林业、农垦、矿区、油田等法院却是计划经济时代的产物，其设置初衷并非出于专业性要求，而是更多考虑行业或区域的管理需要。这在特定历史时期或许有其合理性，但随着时间的推移，其模糊的性质、混乱的地位却不断引发巨大质疑。尤其是，此类专门法院长期游离于国家司法系统之外，法官任命未经人大法定程序，审判权行使缺乏有效监督，人员编制管理、办案经费投入等等，均由主管部门或企业一手包揽，其千丝万缕的“内部联系”殊难切割。进入本世纪后，这种“法企不分”“法政不分”的管理体制与现代司法理念愈加格格不入，已固化成妨碍司法严肃性、公正性的体制性障碍。
事实上，从上世纪90年代末期起，将烙有行业胎记的专门法院统一纳入国家司法管理体系，以解决“部门、企业办法院”的历史弊端，就已纳入司法改革构想。然而横跨2004年和2009年两轮司改周期，却遭遇重重阻力，迟迟不见进展。其中最为典型和曲折的，当数铁路法院的改制历程。
追溯起来，1980年代初期重建铁路法院时，法学界便有人提出异议，认为在铁路内部建立独立的司法系统很不严肃，势必影响审判的公正性，有违法治原则。然而当时正值“严打”时期，铁路又是治安的重灾区，因而反对之声并未得到采纳。
1987年，设在铁道部的铁路高级法院被撤销，一度被视为铁路司法体制改革的第一步。但此后，人们所期待的后续改革却止步不前，在此后20多年内几乎毫无进展。与此同时，铁路法院的审判公正性，却日益成为社会质疑的焦点。每年全國都会发生多起火车撞人、铁路消费侵权等案件，起诉至铁路法院后，大多以袒护铁路利益的判决而收场。由此导致了对于铁路法院普遍的信任危机，舆论直指铁路法院“既当运动员，又当裁决员”的司法权力部门化现象，引发如潮非议。
时至2009年7月，中央正式下文，要求将铁路公检法整体纳入国家司法体系，铁路法院移交驻在地省级法院管理，并提出了当年年底完成改革任务的时间表。但相隔近一年，这一改革目标仍未有实质进展。
铁路法院体制改革陷入困顿之时，要求改革的社会呼声却在日益升温。早在2005年全国人代会期间，104名全国人大代表就联名提交议案，要求立法禁止在行政机关、企事业单位设立法院、检察院。此后几年的全国“两会”上，几乎都有人大代表、政协委员发出改革铁路司法体制的呼吁，要求铁路法院与部门、企业彻底脱钩。
与此同时，随着多起涉及铁路的诉讼引发举国关注，来自民间社会的质疑更为汹涌澎湃。从2003年至2009年，多位律师、学者、公民参与相关诉讼失利后，纷纷以提交公民建议、媒体发声等方式，试图撬动铁路法院改革的坚冰。其中颇具代表性的是以公益诉讼而闻名的公民郝劲松，从2004年起，郝劲松以在火车上购物索要发票未果等为由，发动了多起和“铁老大”较劲的诉讼。然而经历数场败诉后，郝劲松痛感铁路法院的审判是“儿子审老子”，并向全国人大常委会提交了公民建议书，呼吁在全国范围内撤销铁路法院。
更具震动效应的是2008年发生的一起涉铁路刑事案。是年9月，乘客曹大和乘坐从广州开往遵义的1291次列车时，被列车长用胶布捆绑致死。次年4月，贵阳铁路法院对此案作出一审判决，仅以“过失致人死亡罪”判处涉案列车长有期徒刑两年、缓刑两年，涉嫌渎职的铁路警察却未获任何司法惩处。这一判决引发轩然大波。不久，16名学者、律师和记者联署向全国人大常委会提交了公民建议书，要求对铁路系统司法权进行违宪审查。2010年3月全国“两会”期间，此案再度被一些人大代表提起，以此直陈铁路司法改革的迫切性。是年8月，就在该案二审裁定下达前两天，又有30名律师联名向全国人大常委会、“两高”和公安部发出了呼吁信。
一系列的民间行动和舆论压力，不断累积着改革的催化剂，促动铁路司法改革再次上路。2010年底，中编办等六部委联合发文，明确铁路法院、检察院的财权、人事权划归地方司法系统。不过，由于具体改革方案并未成型，围绕改革所展开的利益博弈依然激烈而复杂。一方面，铁路系统并不愿意放弃固守多年的司法权力，改制后还面临着人员安排、经费保障等诸多现实问题。另一方面，不少地区的铁路法院工作人员一旦由企业编制转入司法体系，其收入待遇将大大缩水，对于个体代价的担忧，也形成了不小的改革阻力。
直到2012年1月，随着陕西省两级铁路法院在全国率先移交地方，铁路司法改革的坚冰才开始真正融化。2月下旬，为了加快过于缓慢的改革进程，最高法、最高检向各地下发通知，确定了铁路法检两院必须在6月底前向地方移交的时间表。在此之前，铁道部亦已明确表态，对铁路法检两院的经费保障只维持到6月底。在“最后通牒”和“财力断粮”的双重压力下，铁路司法改革终于进入了快车道，到最后期限前夕，更是出现了“扎堆”移交的盛况。最终，铁路法院整体转制如期完成，17个铁路中级法院、58个铁路基层法院与铁路企业全部剥离，3700多名铁路法院干警转变了隶属关系。至此，铁路司法体制改革在经历漫长的拉锯后，终于尘埃落定。
铁路法院正式纳入国家司法体系，只是专门法院体制改革的一个缩影。在此前后，林业、农垦、矿区、油田等法院的改制进程，也在持续推进或基本完成。2015年，最高人民法院发布的第四个五年改革纲要亦再次明确，“继续推动法院管理体制改革。将林业法院、农垦法院统一纳入国家司法管理体系。”可以预见，以司法公正为诉求的专门法院“去部门化”“去企业化”体制改革，将渐行渐远，最终穿越历史的迷雾。